微生物的指示作用
(1)著生的緣毛目多時，處理效果良好，出水BOD5和濁度低。(如小口鐘蟲、八鍾蟲、溝
鍾蟲、褶鍾蟲、瓶累枝蟲、微盤蓋蟲、獨縮蟲)這些緣毛目的種類都固定在絮狀物上，並隨窗之而翻動，其中還夾雜一些爬行的棲纖蟲、遊僕蟲、尖毛蟲、卑氣管葉蟲等，這說明優質而成熟的活性汙泥。
(2)小口鐘蟲在生活汙水和工業廢水處理很好時往往就是優勢菌種。
(3)如果大量鞭毛蟲出現，而著生的緣毛目很少時，表明淨化作用較差。
(4)大量的自由游泳的纖毛蟲出現，指示淨化作用不太好，出水濁度上升。
(5)如出現主要有柄纖毛蟲，如鍾蟲、累枝蟲、蓋蟲、輪蟲、寡毛類時，則水質澄清良好，
出水清澈透明，酚類去除率在90%以上。
(6)根足蟲的大量出現，往往是汙泥中毒的表現。
(7)如在生活汙水處理中，累枝蟲的大量出現，則是汙泥膨脹、解絮的徵兆。
(8)而在印染廢水中，累枝蟲則作為汙泥正常或改善的指示生物。
(9)在石油廢水處理中鍾蟲出現是理想的效果。
(10)過量的輪蟲出現，則是汙泥要膨脹的預兆。
另在一些對原生動物不宜生長的汙泥中，主要看菌膠團的大小用數量來判斷處理效果。二、
下面是幾種生物相對活性汙泥的指示情況：
1、活性汙泥良好時出現的微生物主要有：鍾蟲類、盾纖蟲、蓋纖蟲、累枝蟲、聚縮蟲、內管蟲、獨縮蟲等吸附性原生動物。如果此類微生物佔總數的80%以上，個體在1000個/mL以上的話，應該判斷為具有高淨化效率的活性汙泥。
2、活性汙泥處於惡劣狀況時出現的微生物主要：波豆蟲、豆型蟲、草履蟲、彈跳蟲、屋滴蟲（大多數為游泳型），可以判斷為絮凝體細碎。嚴重惡化時原生動物和後生動物消失。
3、在活性汙泥分散解體時出現微生物：輻射變形蟲、多核變形蟲、扇形變形蟲等肉足類。可判斷為絮體變小出水混濁，SS升高，而這類微生物急增時必須調整工藝狀態，減少迴流汙泥量和通氣量，則可以印製汙泥解體。
4、在活性汙泥出現恢復時出現的微生物主要有：漫遊蟲、徐葉蟲、徐管蟲、尖毛等（全毛類）
5、在活性汙泥膨脹時出現的微生物主要有：浮游球衣藻和黴菌。絲壯菌是造成汙泥膨脹的誘導生物，絲壯菌大量增殖是，則吸附型的原生動物急劇減少，汙泥效能惡化，形成所謂的漂泥現象。一旦出現絲壯菌增殖的趨勢，4-7天后SVI急劇上升甚至會超過200。
6、進水負荷低時出現的微生物主要有：遊僕蟲、狹甲蟲等生物。判斷為有機物較少，應增大曝氣量。溶解氧不足時出現的微生物主要有；扭頭蟲、絲壯菌等，此時汙泥發黑並放出腐臭味，應增大曝氣量。曝氣過量時出現的微生物主要有：肉足類及輪蟲類，包括阿米巴蟲，高負荷和毒物流入時出現的微生物主要有；盾纖蟲和鍾蟲的`銳減是負荷過高和毒物流入的徵兆，大多數微生物滅絕時活性汙泥已被破壞，必須進行恢復。
7、鍾蟲不活躍或呆滯，往往是曝氣池供氣不足。當發現沒有鍾蟲，卻有大量的遊動纖毛蟲如個種數量較多的草履、漫遊蟲、豆型蟲、波豆蟲等，而細菌則以遊離細菌為主，此時表明水中的有機物還很多，處理效果很差。如果原水水質良好，突然出現固定纖毛蟲減少，游泳纖毛蟲增加的現象，預示水質要變差，逐漸出現遊動纖毛蟲，水質將向好的方向發展，直致變為固定纖毛蟲為主，則水質變得良好。
8、鏡檢中發現積硫較多的絲硫細菌，遊動細菌時，往往是曝氣時間不足，空氣量不夠，流量過大，或水溫較低，處理效果較差。
9、在大量鍾蟲存在的情況下盾纖蟲數量多而且越來越活躍，這讀曝氣池工作不利。要注意，可能悟泥會變得鬆散，如果鍾蟲量遞減，盾纖蟲量遞增，則替伏著汙泥膨脹的可能。當發現等枝蟲成堆出現，並不活躍，肉眼能見汙泥中有小白點，同時發現貝氏硫菌和絲硫菌積硫點十分明顯，則表明曝氣池溶解氧低，一般在0.5mg/L左右。
10、如果發現單個鐘蟲活躍，其體內的食物泡都能清晰地觀察到時，說明汙水處理的程度高，溶解氧充足。二沉池的出水中有許多水蚤，其體內的血紅素低，說明溶解氧高，水蚤的顏色很紅時，則說明出水幾乎無溶解氧。
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